粮食和农业部门的分析人员要解决的问题涉及的样品类型非常广泛，包括但不限于查明食品中的污染物，分析食品材料本身，和对植物样品的研究。每种分析都提出了与之相关的一系列问题：用于电子显微镜分析的样品制备，确定合适的分析条件，并了解解决样品中的问题所需要的信息。

X射线能谱分析是识别食品中污染物的一种常规而又强大的方法。识别未知物质中的元素并确定其比例的能力，最终可帮助识别构成污染的物质并有望消除污染源。

对于食品和植物样品的分析，它们的物理组成往往限制了在不损坏或破坏这些样品的情况下所可使用的分析条件。因此，这些样品只能产生中等或较低的X射线计数率，这在过去被视为使用EDS-X射线光谱法的障碍。但当前一代大面积EDS-X射线硅漂移的性能显著提高了从样品中收集到的X射线信号水平，克服了这一局限性。这提高了EDS-X射线光谱法对食品和农业样品进行有意义的分析和表征的潜力。